یک مادر و دختر 6 ساله اش به آپارتمانی خزنده نقل مکان می کنند که تمام سطح آن توسط آب نفوذ می کند.

داستان زمانی اتفاق می افتد که شینیچی هنوز دانش آموز دبیرستانی بود. کارآگاهی جوان با استعداد به نام کودو شینیچی پیامی دریافت می کند: "من یکی از همکلاسی هایت را در سفر کلاسی تو خواهم دزدید". لذا او در صدد کشف حقیقت پشت این پیام مرموز بر میاید.