پس از رویارویی انفجاری خود در گذشته، گودزیلا و کونگ باید برای مقابله با یک تهدید عظیم کشف نشده که در اعماق زمین پنهان شده است، و به راحتی موجودیت این دو هیولای باستانی و انسانها را به چالش می کشد دوباره با یکدیگر متحد شوند و ...

داستان یک تیم عملیاتی ارتش آمریکا که مورد کمین قرار می‌گیرند و تنها امیدشان یک مأمور هدایت‌کننده حملات نیروی هوایی و یک خلبان پهپاد است تا آن‌ها را از نبردی 48 ساعته مرگبار نجات دهند.