ماکوتو شیشو با کشتی مجهزش به سمت حکومت میجی در حال حرکت هست و قصد دارد مجددا هر و مرج را به ژاپن بازگرداند. حال، کنشین هیمورا به منظور متوقف ساختن شیشو، برای یادگیری تکنیک نهایی نزد استاد قدیمی خود می رود.