مردان ایکس گرد هم آمده‌اند تا یک مامور جهش یافته را بیابندکه قصد جان رئیس جمهور کرده ، در پی این حادثه، آکادمی انسان‌های جهش یافته مورد حمله ارتش قرار می گیرد.