لاک پشت های نینجا خود را برای مقابله با دشمن سرسخت خود ، تی سی آر آی آماده می کنند. دکتر باکستر استاکمن که بر روی پروژه ی طوفان اوزونی کار می کند، در حال آماده سازی مقدمات حمله ای آسمانی و بزرگ به نیویورک می باشد.

داستان چهار لاک پشت نینجا به نام های لئوناردو، رافائل، میشل آنجلو و دوناتلو که باید در برابر دشمنی اهریمنی و بدجنس به نام "شرودر" ایستادگی نمایند.