در دوران خشونت‌آمیز به نام باکوماتسو، یک قاتل ایشین وجود داشت که فقط به نام هیتوکیری باتوسایی شناخته می‌شد، که مهارت و بی‌رحمی‌اش در عصر بازسازی که او در ساخت آن کمک کرد، تقریباً افسانه‌ای شد. با این حال، با نزدیک شدن به زمان جنگ، او بدون هیچ اثری ناپدید شد، اما یازده سال بعد به عنوان یک شمشیرزن سرگردان، هیمورا کنشین، دوباره ظاهر شد.

ساساکی، یک کارمند اداری، پرنده ای می خرد که در واقع می تواند به او قدرت های ماوراء طبیعی بدهد تا بین دنیاها گذر کند. اگرچه او می‌خواهد از این قدرت برای زندگی در صلح استفاده کند، اما شخصیت‌های مختلفی وجود دارند که ممکن است مانع خواسته‌های او شوند.