ناروتو، شیکامارو و ساکورا این بار به مأموریتی فرستاده شده‌اند تا حیوان دست‌آموز گمشده‌ای را به دهکده‌اش بازگردانند اما با جنگجوی اسرارآمیزی مواجه می‌شوند که...

داستان زمانی اتفاق می افتد که شینیچی هنوز دانش آموز دبیرستانی بود. کارآگاهی جوان با استعداد به نام کودو شینیچی پیامی دریافت می کند: "من یکی از همکلاسی هایت را در سفر کلاسی تو خواهم دزدید". لذا او در صدد کشف حقیقت پشت این پیام مرموز بر میاید.