خانواده تاوارا، آخرین قبیله نینجاهاست. این خانواده پس از یک حادثه در گذشته ریشه های خود را رها کرده بود، اما اکنون خانواده باید بزرگترین بحران در تاریخ ژاپن را بپذیرند، بحرانی که تهدید می کند که ملت را تا اعماق وجودشان بترساند...

کاراگاه پلیسی در هیروشیما به همراه دستیارش ناپدید شدن کارمند شرکتی را به علت مافیای یاکوزا در سال 1988 بررسی می‌کنند.

.دختری جوان اهل جزیره هوکایدو برای درس خواندن در دانشگاه راهی توکیو میشود.

کنشین هیمورا در برابر یک فروشنده اسلحه مرموز به نام انیشی یوکیشیرو که دنیای تبهکاران چین را کنترل می کند، قرار می گیرد. در این حین، راز "جوجیشو" کنشین هیمورا نیز فاش می شود و...

گذشته کنشین به سراغش می آید و باعث خراب شدن رستوران "آکابکو" می شود، جایی که مکان مورد علاقه او برای غذا خوردن بود. در آنجا، او یادداشتی پیدا می کند که روی آن کلمه "Junchu" نوشته شده است.

داستان "کنشین هیمورا" که بر علیه شخصی شیطان صفت به نام "ماکوتو شیشیو" که قصد دارد دولت میجی را فلج کند، قیام می کند..

ماکوتو شیشو با کشتی مجهزش به سمت حکومت میجی در حال حرکت هست و قصد دارد مجددا هر و مرج را به ژاپن بازگرداند. حال، کنشین هیمورا به منظور متوقف ساختن شیشو، برای یادگیری تکنیک نهایی نزد استاد قدیمی خود می رود.

در سال ۱۸۶۸، بعد از اتمام جنگ باکوماتسو، مردی به نام «کنشین همورا» که سابقا یک آدمکش بوده است، در حالی که در ژاپن سرگردان است، قسم میخورد به کسانی که نیاز به کمک داشته باشند یاری برساند...